营养成分不稳定
自酿黄酒因其制作过程中可能存在的变量，如原料质量、加热时间和温度等，这些都可能导致最终产品中的糖度、酒精含量以及其他营养成分出现较大波动。消费者在购买时往往难以准确判断所购产品的具体成分，长期饮用容易引起身体不适，甚至对肝脏造成损害。
卫生安全问题
自酿黄酒生产过程中，由于技术和设备限制，很难保证每一步操作都能达到国家标准。例如，在酵母发酵阶段，如果环境卫生条件差或发酵温度过高，就有可能产生细菌毒素，对人体健康构成威胁。此外，一些非法生产的自酿黄酒更是忽视了基本的消毒环节，因此存在极大的卫生风险。
潜在的食物中毒风险
由于部分个人或小规模企业缺乏专业知识，他们在生产过程中可能会使用到一些未经严格筛选或处理过的大米、大曲等原料，而这些原料本身就存在着病虫害或者污染的问题。如果没有妥善处理，这些问题很容易转移到最终制出的黄酒里，从而导致食物中毒事件发生。
法律责任追究困难
对于那些从事非法自产、私卖活动的人来说，他们通常缺乏必要的资质和合法手续，即便他们违反了食品安全法规，也常常能够逃避法律追责。这使得消费者如果受到伤害时，要想获得相应赔偿变得非常困难，因为涉及到的证据链条复杂且案件审理成本较高。
**市场监管缺失】
由于许多地方性的自酿黄酒并不是通过正规渠道销售，它们绕开了国家层面的监管体系。在这种情况下，不仅无法得到科学规范化管理，而且也无法有效地进行监督检查。这意味着即使有地方政府出台了一系列措施来规范此类活动，但实际执行效果却受到限制，最终还是让很多不合格产品流入市场。