在一个风和日丽的春天，日本某个繁华都市中，发生了一起让人瞠目的案件。市中心的一个著名花园——“龙舌兰之园”，这里以其独特的龙舌兰种类闻名遐迩，却突然陷入了混乱。在这个宁静而神秘的地方，一位年轻女游客在参观时不幸失踪。
新闻传遍了整个城市，引起了公众广泛关注。而就在这时候，一位谜一般的人物出现了，他就是世界知名的私家侦探——少年侦探柯南。柯南拥有超凡脱俗的智慧和敏锐的洞察力，他接手这个看似简单却实际上复杂到令人头疼的问题。
首先，柯南来到了龙舌兰之园。他仔细观察周围环境，每一朵精致的小花都似乎在向他诉说着什么。随后，他决定采取行动，将他的助手小林（假扮成他的哥哥）带进花园，以便两人可以更有效地合作搜寻线索。
他们开始询问园内工作人员关于那位失踪女游客的情况。在那里，他们得知她是在参观最为稀有的“红心”系列龙舌兰时突然消失无踪。这是一个关键信息，它可能指向的是一些隐藏于花丛间、外表平静却实则有毒的植物。
然而，在搜查过程中，小林发现了一张照片，那是被害者的自拍照，她站在一处奇怪地点，那里有一块标记，上面写着：“禁止踏足”。这意味着，这个地方可能与她的死亡有关，但它又为什么会被这样标记呢？
为了揭开真相，柯南决定潜入禁区。他小心翼翼地穿过密集的大片植被，最终找到了那个所谓“禁止踏足”的区域。一条隐蔽的小径通往一个隐蔽的小屋，而就在那里，他们发现了一些重要证据：一封未完成的手稿，以及几包含有剧毒药剂的地球壤土。
经过分析，这些材料显示出，被害者是在试图研究一种新型杀虫剂，并且她已经成功制作出了第一批样品。但她的实验忽略了安全措施，最终导致意外事故造成悲剧。此外，这份未完成的手稿正是该杀虫剂配方的一部分，而那些地球壤土则是用来测试其效果用的土壤样本之一。
但为什么这些事实要隐藏起来？这是因为受害者的研究对制药公司来说具有巨大的商业价值，而公司高层为了保护自己的利益，不惜牺牲科学精神，让受害者成为他们计划中的牺牲品。当事工们意识到这一点后，便将所有相关资料销毁并警告其他员工不要再次触碰那个禁区，只留下那张照片作为警示符号，以免再次有人走火入魔。
最后，在一次紧张刺激的情景追捕中，凶手终于落网，并承认自己犯下的罪行。那女子原本只是想揭露真相，却不料成了大恶霸们的心理战场上的棋子。而柯奈通过他的聪明才智及坚定的决心，为逝去生命伸展正义，同时也为整个社会提供了一课：即使在最美好的环境中，也不能忘记安全与道德原则。
