异味和异香问题
自酿黄酒在制作过程中，如果没有严格控制酵母、果汁或其他添加剂的质量，很容易出现异味和异香的问题。这种情况下，酒液可能会产生苦涩、酸辣或者是发霉等不良气息，这些都影响了饮用者的口感体验，并且有可能对人体健康造成危害。
酒精含量过高
自酿黄酒在生产过程中，由于制作者对酒精度数掌握不当，或是未能准确控制发酵时间，从而导致最终产品中的酒精含量超标。这对于那些希望避免摄入大量酒精的人来说是一个巨大的隐患，因为过量饮用高浓度的乙醇可以引起急性中毒甚至死亡。
不良成分污染
自产的黄酒如果没有经过适当的卫生监管，在储存和运输过程中很容易受到细菌、真菌等微生物污染。如果这些微生物进入到最后产品中，就会形成各种有害物质，如甲醛、二氧化硫等，对消费者健康构成潜在威胁。
营养素不足或过剩
部分自酿黄酒由于生产工艺简单，不足以保证所需营养素充分吸收。在某些情况下，反而因为长期保存导致营养素流失，使得最终产品缺乏必要的维生素矿物质，对人体健康造成损害。此外，也有一些商家为了追求更高的经济效益，而无视安全标准，有时会故意增加某种营养补充品，以此提升售价，但这同样存在着安全风险。
食品安全法规违背
随着市场竞争加剧，一些小型厂家为了快速扩大市场份额，不顾食品安全法规，便捷快捷地进行生产销售。他们忽略了食品添加剂使用限制以及清洁卫生要求，直接将非法添加剂用于改善风味或者延长保质期，这就使得整个行业面临着严重的问题，比如食源性疾病爆发之风险增大。