在一个阳光明媚的下午，名侦探柯南与他的助手小兰来到了一个位于郊区的龙舌兰园。这里不仅有着美丽动人的龙舌兰，还隐藏着一系列难以解开的谜团。
他们被邀请来解决园主的一件案子：最近几株珍贵的龙舌兰植物经常遭到盗窃，且没有任何线索。柯南仔细观察了现场，对周围环境进行了详尽地勘查。他注意到，每次盗窃发生时，都会有一些小花纹不同的泥土留在植物旁边，这可能是犯人逃跑时不慎遗落的小线索。
通过对比这些泥土样本，柯南发现它们来自同一片地区，但是在那片地区并没有发现任何其他迹象。这让他意识到，可能犯人并非普通的贼，而是一位非常熟悉这片区域的人。此外，他还提出了一个假设：如果泥土来自相同的地方，那么也许犯人就藏身于附近某个地方，不需要远距离搬运。
就在这个时候，小蘭突然想到了一件事：“柯南，你知道吗？近期有很多游客来访，他们中间有几个看起来特别神秘的人。”她描述的是一些戴着墨镜、穿着黑色夹克的男子，这些特征引起了柯南的兴趣。
他们决定跟踪这些可疑人物，并很快找到了其中的一个。在审问过程中，该男子承认自己确实参与了盗窃行为，但他声称这是为了保护自然资源，因为他认为那些高价出售给富有的收藏家会导致稀缺物种灭绝。
虽然他的动机似乎合情合理，但是由于法律规定所有生物资源都应该得到公正管理，他最终被捕并接受惩罚。这宗案件展示出，即使是出自善意，也不能违法侵犯别人的财产权利。同时，它也凸显了“龙舌兰名侦探柯南”的敏锐洞察力和卓越解决问题能力，为此园中的其他珍贵植物保卫者树立了一面榜样。