在中国封建社会，教育一直是培养人才的重要途径。科举考试作为选拔官员的主要方式，对整个社会产生了深远的影响。然而，在明清交替时期，这种制度面临着前所未有的挑战。在这一背景下，书院逐渐成为新的知识传播中心，它不仅改变了学习方式，还推动了学术思想的演进。

1640年前的科举制度

在明朝中叶之前，科举考试已经成为选拔官员的主要手段。这种制度起源于唐代，但到了明初时期，由于加强中央集权和扩大统治范围，便更加规范化和系统化。这一制度通过考试来选拔人才，不仅提高了士人群体中的文化水平，也为那些出身低微但有才华的人提供了一条崛起之路。

1664年后的转折点

然而随着时间的推移，这个原本设计平衡与公正、促进社会流动性的体系开始出现问题。一方面，由于竞争激烈，大量考生涌入，而考取功名的人数有限，加剧了社会矛盾；另一方面，地方豪绅势力日益壮大，他们通过财富和政治手腕获取功名，使得这份原本应该是平等机会的选拔机制变得越来越偏袒。

此外，当时经济衰退、自然灾害频发使得许多地区民众生活困难，加上长时间内战导致资源耗竭，这些都对科举制度造成压力。在这样的背景下，一部分读书人开始寻求新的学习和交流平台，以适应不断变化的情况。

书院兴起及其作用

就在这个历史节点上，书院逐渐兴起。这不是一个突如其来的现象，而是在长期发展过程中形成的一种新型教育机构。它以“私塾”为基础，但不同的是，它们通常规模较大，有固定教室，可以容纳更多学生，并且会聘请多位教授进行教学。此外，与私塾相比，书院更注重讨论和批判性思维，其教学内容也更加丰富多样，不限于经典文学而包括数学、天文、地理等科学知识。

随着时间的推移，书院不仅成为了士子们学习的地方，也成为了他们思想交流与批判思考的地方。这里，是他们能够自由表达自己的意见，同时受到启蒙思想影响的地方。在这样一个环境里，对古籍文献进行深入研究同时也被视为一种必要的手段，这进一步推动了对自然科学知识了解增加，以及对于西方科技观念理解力的提升。

1670年代后续发展

到了1670年代左右，即使是在仍然存在一些困难的情况下，比如仍有一些地方还没有完全接受新式教育体系，但可以说这是中国近现代史上的一个重要转折点。这一时期虽然还有很多不足，但是人们对于改革开放以及实用主义精神表现出了积极态度。而这些精神最终帮助中国走向了一步步向现代国家过渡的大门前沿。

总结来说，从1640到1680年的这个百年间，是中国学术变迁的一个关键阶段。在这期间，从严格意义上的科举体制向更加宽泛而开放的心灵殿堂——即今日我们所说的大学或学院转型过程中，我们看到了一个人类智慧如何在不同的时代背景下不断演变，并适应着自身需要不断革新自己以适应未来世界。