龙舌兰名侦探柯南的出现是偶然的，他在一次寻找古老图书馆藏品的旅途中，意外地发现了一个隐藏在城市深处的小花园，这个花园里种植着一种罕见而美丽的龙舌兰。
这些龙舌兰不仅颜色鲜艳，而且香气浓郁，吸引了一位年轻女孩来到这里，她自称是一位植物学家，并对这些稀有的植物有着深厚的情感。然而，当夜幕降临时，这个宁静的小花园竟然发生了骚动。
一束被盗走的珍贵龙舌兰，被人用极其巧妙的手法藏匿于小花园之中。当警方到达现场后，他们发现了一串神秘的线索，但却无法揭开真相。在这个时候，一位身穿黑色皮衣、戴着眼镜、头发短得像剃光一样的少年悄无声息地出现了，他就是著名侦探柯南。
柯南迅速分析了现场情况，将所有线索加以推理，最终揭示出了惊人的真相——这次盗窃事件背后是一个复杂的人物关系网，与一段古老家族遗产有关。这份遗产传承至今，却又因一场家庭悲剧而停滞不前。
在追踪犯罪嫌疑人的过程中，柯南还不得不利用他的智慧和直觉解决了一系列与龙舌兰相关的小谜题，从最普通的一朵叶子变形到最复杂的一套密码解密，每一步都充满挑战和危险。
