最古老的药酒配方与古代中药方剂一样，往昔无名。考古发掘中的马王堆帛书记载的药酒秘制，缺乏明确的方名。这一现象在唐代医药著作中仍然常见，如《千金要方·脾脏下》所述“治下痢绞痛肠滑不可差方”，以及《外台秘要》的“疗风痹瘾疹方”等。最早将单味草本或主药命名为酒的做法，始见于先秦及汉代，如《内经》中的“鸡矢醴”和《金匮要略》的“红兰花酒”。此后，随着时代的推移和医学知识的积累，药酒命名方法日益丰富。
传统上有五种主要命名方式：1. 以单一草本命名，如羌活酒；2. 以二味草本联称，如五倍子白矾酒；3. 选用几味主草作为名称，或简化易记如五蛇、五精、五枝、二藤等；4. 以人名字或官职命名，以示纪念，如仓公酒、史国公酒等；5. 根据功效或主治特点命名，如安胎当归酒、愈风酒等。此外，还有一些以功能特征直接作为名称，如八珍、大补之类，以及一些特殊取材如白色、中性调料饮品（如玉液）或颜色鲜艳（如紫色）的特殊类型。
至于现代分类，将中国传统药物分为保健、内科、中耳科等多个大类别，并且结合了现代科学技术，使得这些古老而神奇的产品既保持了其传统价值，又获得了新的生命力。然而，由于这门艺术跨越数千年，其涵盖范围广泛，不仅包括了古人的病症，也涉及到现代医学领域，因此对其整理和发展是一个庞大的工作任务。
