在一个阳光明媚的春日，京都市内最著名的植物园——龙舌兰花园中，一场前所未有的风暴正在悄然升起。这不仅仅是指天气上的变化，而是一场涉及名侦探柯南和他的助手小五郎，以及一系列复杂案件的风波。正当所有人都以为春天将带来温暖与生机时，却意外地卷入了一个关于龙舌兰、古董书籍、家族遗产以及隐藏背后的深层谜团。
故事从一个平凡的小商贩开始，他收到了一个神秘信函，要求他前往龙舌兰花园，以便交换一本价值连城的古董书籍。这位商贩虽然疑惑，但也心想，这可能是一个新的生意机会。在他到达后，将书籍交给了一位身穿黑色西装、戴着眼镜且留有短发的小伙子。这位小伙子自称是“专家”，并声称这本书极为稀奇，是一部描绘18世纪日本江户时代宫廷生活的一部史诗级别作品。
然而，当这个交易结束后，小商贩发现自己被困在了花园里。他试图逃跑却发现自己陷入了迷宫般的地形设计。就在此时，那个神秘的小伙子出现了，他竟然是那个被追捕多年的罪犯——赤井秀一。而赤井秀一并不打算放过这个机会，他计划利用这次行动来洗清自己的犯罪记录，并且还想要得到那本珍贵的古董书籍。
随着情况变得越来越紧张，名侦探柯南和他的助手小五郎得知消息，他们决定介入这场纷争。在他们到达之前，不知道多少条线索已经被掺杂在一起，包括那些看似无关痛痒但实际上却非常重要的情报。此时，一些看似不相关的人物也逐渐浮出水面，其中就包括了一位身材高挑、长发飘逸的大姐，她似乎与这些事件有着不可告人的联系。
为了揭开真相，柯南必须运用他敏锐洞察力和丰富经验去分析每一次细微动作，每句话之间潜藏的问题。经过一番周密调查，他们终于找到了关键证据：那本古董书籍其实是一份暗号册，上面包含了一串指向某个隐藏地点的地理坐标。
紧接着，他们接近那个地点，只见那里有一间隐蔽的小屋。那间屋内摆满了各种各样的植物器皿，其中尤以一些罕见品种的龙舌兰最引人注目。但就在他们即将打开最后一个柜子的瞬间，大姐突然跳出来，并宣布她就是真正的心理操控者。她通过精心策划这一系列事件，为的是保护她的家族遗产免遭侵犯，同时还要确保她的身份不为外界所知。
最终，在众人的惊讶下，小五郎识破大姐使用的一种特殊技术，使得她无法控制自己的身体。当一切真相大白之后，大姐意识到自己的行为太过分激烈，也感到十分羞愧，最终选择坦诚地解释并接受法律制裁。而那本暗号册？它成为了科学研究的一个宝贵资料，用以更好地理解18世纪日本宫廷文化中的植物学知识。
至此，这场充满悬念与挑战的事故正式画上了句点，而在这过程中，无论是在情感还是智力的方面，都让人们对“龍竹蘭”这一词汇产生更加深刻的情感联结。尽管案件解决，但对于那些参与其中的人来说，这段经历永远不会消失，因为它教会我们，即使是在繁忙都市中，也可以找到自然之美，更重要的是学会如何从中汲取智慧与力量。