在进行水果酒曲秘方的酿造过程中，控制和注意事项至关重要。首先，在发酵过程的控制上，我们需要每天早晚两次测定和记录发酵液的浓度和温度，以便了解发酵情况并及时调整。对于小规模酿造者来说，观察二氧化碳气泡产生量以及室温控制就足够了。在初次或小规模酿造中，最好使用10升到20升不等的平口玻璃瓶，这些瓶子经过消毒后，用漏斗将煮沸过后的蜜汁倒入其中，并加入适量营养盐和5%到10%的酒母，然后塞上橡胶塞并装好发酵管。在每个发酵管内倒入一点清水来起到过滤空气的作用。
较大规模的生产则可以采用陶瓷大缸进行发酵。首先用75%酒精擦拭缸壁以消毒，然后倒入调配好的蜜汁并接种酒母，上面覆盖一层纱布和塑料布。通常，大缸中的蜜汁数量约占其容量70%至80%.
在观察发酵过程时，工业级别的大容器会使得品温上升至27℃至32℃。为了降低品温，一般会使用泵将发 酵液通过热交换器。这段时间主要是由活跃而繁殖迅速的小麦芽（即糖转变成醋酸）完成主体工作。当糖分被转变为醋酸后，将不会再继续发生新的生理变化。
如果发现产品出现异常，如含有未经完全转化为醋酸、仍然存在于产品中的糖分，那么可能是由于某种原因导致了提取步骤失败，比如不当操作或设备故障。如果这种情况发生，可以采取措施重新开始提取流程，以确保最终产品质量符合标准要求。
最后，在贮存阶段，要注意保持环境稳定，不要让温度波动太大，因为这可能影响到蜂蜜酒中蛋白质沉淀的情况。此外，还需要避免与空气接触过多，以防止氧化对蜂蜜酒味道造成负面影响。
