采用三种培养基，可以最大限度地分离出麦曲中的真菌，其中PDA和CPK培养基是用来分离真菌的常用培养基，此外还使用了麦曲浸提液培养基（WQE），因为它的营养成份近似于微生物最原始的生存环境。对于三种培养基进行平板菌落计数，PDA和WQE培养基上的菌落数在48小时后达到最大，菌落数分别达到4.7×104cfu/g干曲和8.4×104cfu/g干曲。而在CPK培养基上，由于本身是合成培养基，营养不够丰富，所以24小时后开始慢慢形成菌落，56小时后达到最大值，仅为1.4×104cfu/g干曲。 根据菌落大小、形态和颜色等表型特征进行初步区分，共得到24株纯种菌株。各个纯株在3种分离培养基上的分布情况见表1。从PDA，CPK和WQE三种培养基上分离得到的纯种真菌分别为8种、18种和11种。PDA是营养丰富的培养基，但分离出来的真菌数目最少。而近似于微生物最原始生存环境的WQE培养基分离得到的真菌种类，要比预期的少。在合成培养基CPK上分离获得的真菌种类最多，暗示在低营养长时间的培养条件下，能够较多地回收得到麦曲样品中的真菌。 文章来源华夏酒报 麦曲样品中的优势菌一般指10—5稀释度以上检测到的真菌。从表中可以看出，不同的培养基分离出来的优势菌是不一样的，且每一种培养基都能检测到培养基所不能检测到的优势菌株，所以必须联合使用多种分离培养基，才能准确解析麦曲中的真菌多样性。另外，在分离培养基中有必要加入去氧胆酸钠来抑制菌丝的蔓延。
