在一个炎热的夏日午后，名侦探柯南和他的伙伴们正在享受着阳光下的假期时光。突然，一位焦急的女士闯入了他们的小屋，请求他们帮助解决一个难题。
这位女士是某家龙舌兰园艺公司的负责人，她向柯南解释说，他们最近生产了一种新型龙舌兰，这种植物具有独特的美丽花朵和强大的抗辐射能力。然而，在产品上市之前，几株这种龙舌兰神秘地消失了，而且据说它们带走了一些重要文件。这不仅损害了公司声誉，也可能导致严重的人为错误。
柯南迅速开始调查，他首先访问了公司，并询问员工关于事件的一切信息。他注意到一些员工似乎过于紧张，而另一些则表现得异常冷静。通过观察和推理，柯南发现其中有一个人行为异常，这个人正是在夜晚外出工作时被目击到的。
接下来，名侦探带着小朋友们前往现场进行更深入的调查。在一片密集的大树丛中，他们找到了一条隐藏在草丛中的小径。这条小径引领他们来到了一个隐蔽的小洞穴里，那里藏有一些重要文件以及几株“消失”的龙舌兰植株。原来，这些盗贼并不是为了偷窃，而是为了获取这些特殊植物，因为它们可以用来制造一种能够抵御核辐射的防护衣料，从而成为黑市上的高价商品。
经过仔细分析证物及对嫌疑人的审讯，最终揭露真相的是一群企图利用科学技术手段获取暴利而不顾法律道德风险的人。当事女子感谢柯南及其伙伴们救出了她的生命财产，同时也保护了科学研究领域免受滥用的侵扰。此事也让大家更加珍惜那些看似平凡但实际上蕴含巨大潜能的事物，以及正确使用知识力量对于社会进步至关重要的一个例子。
