在一个风和日丽的春天，名侦探柯南决定放下案件书籍，与小五郎一起踏上一段新的旅程——探索东京最美丽的龙舌兰花园。这个计划并非偶然，他得知有一位著名的植物学家，在其茶馆里养了一大片珍稀的龙舌兰，而这位植物学家的好友，却突然失踪了。
踏入神秘茶馆
他们先来到了那位植物学家的茶馆，这是一座古色古香的小屋，四周被郁郁葱葱的树木环绕。柯南注意到门前有一个小板子，上面写着“请敲三次”，他轻轻敲了三下，那扇门缓缓打开，一股清新而又略带甘甜的香气飘散出来。
解开谜团
进入室内，他们看到墙角摆放着许多罕见的大型龙舌兰，空气中弥漫着它们独有的芳香。植物学家温文尔雅地迎接他们，并向他们展示了他的收藏。他告诉他们，有一株特别珍贵的地球最大的单株龙舌兰，它是他最近才得到的一份礼物，但就在昨晚，这颗宝石般闪耀的心脏竟然消失不见。
柯南敏锐地观察了一番，然后提出自己的想法：“也许这个问题并不仅仅是一个简单的盗窃事件，而是一个更复杂、更深层次的问题。”他开始询问周围的人是否有人可疑行为，也询问那些曾经进出这里的人是否留下过什么线索。
追踪足迹
经过细致分析，他们发现了一些微妙的情报：昨晚的一个年轻人在夜幕降临时刻偷偷潜入过这里；另外，一条隐藏在花园里的秘密通道似乎没有被正常使用。在这些线索指引下，他们决定分头调查，以便尽快找到答案。
小五郎负责调查那个年轻人的身份和动机，而柯南则选择走进那个隐藏通道，看看里面是否有什么重要信息。他穿越了曲折狭窄的小径，最终来到了一个隐蔽的小院子里，那里藏着一些奇特的地图和笔记，以及关于一种特殊药品制作方法的手稿。这一切似乎与某个黑市有关联，而且还涉及到高价买卖稀有药材的事务。
揭露真相
当两人汇合时，小五郎已经掌握了年轻人的身份，他原来是一个冒险爱好者，只是因为对那些珍稀植物充满热情而不是恶意。而关于那只失去心脏的地球最大单株龙舌兰，其实它本身就是一种非常昂贵且难以培育的大型药用植物，用来治疗一种极为罕见且危险疾病——即使如此，它仍旧价值连城，被贩售给黑市上的收购商们作为超级医药原料使用。
然而，当所有事实都逐渐浮出水面之际，那位原本失踪的人物却意外出现。当证据表明他其实是为了保护这块土地及其居民免受黑市交易侵害而采取行动时，每个人都感到震惊。不幸的是，由于他的手法太过极端，最终导致整个故事成为一次误会，从此之后，他决定将所有精力投入到科学研究中，将其应用于正义之路上，为世界做出贡献。而那朵地球最大单株龍竹蘭，则归还到了它真正应有的主人手中，对自然界保持敬畏与尊重，是我们共同努力维护地球生态平衡不可或缺的一部分。