很多人都以为琴酒是英国人发明的，其实琴酒的真正起源其实来自荷兰，就像许多现代烈酒一样，它最早的用途并不是作为一种随性的饮品，而是作为药物。早在16世纪以前，这种酒就已经被少量制造出来，主要成分杜松子在传统上一直被当作利尿、解热以及治疗痛风的药材使用，因此经常被认为是金酒发明者的16世纪荷兰病理学家法兰西斯·西尔维乌斯博士可能只是第一个白纸黑字写下琴酒制造配方的人。在荷兰莱登大学任教，并且身为当时循环系统与组织学权威的西尔维乌斯博士，是为了制造用于做为药物使用而发明了金酒的配方，但实际上真正让金酒商业化成为一种饮品的是另有其人。
琴酒真正被正式制作并商业销售的时候，这个时间点很清楚地被记录下来。这一点对于大部分未知起源的其他类型葡萄类液体来说，可以说是一个特殊的情况。而与西尔维乌斯博士同时代的一个名叫路卡斯·博斯(LucasBols)的人，他看到了这种配方在商业上的潜力，并将糖加入到原本的琴酒配方中，使得出口味更甜，更容易接受。他的博斯酿造厂(Bols)建立于1575年，在荷兰Schie dam，并持续到今天仍然是生产此类杜松子鸡尾素的大型工厂，也是此类产品商业化生产的一位先驱。
开始的时候，琴酒被称为“Genever”，这名字来源于它主要调料之一——杜松子的荷兰语拼写。当这个产品离开了荷兰，被称为Geneva，因为名称与瑞士日内瓦城相似，不少通过荷兰发现这款商品的人误以为它来自瑞士，从而将其带回英国，并简化名称至更易记忆和发音的地名“Gin”。从那以后，英国开始小规模生产自己的版本。
然而，最终让琴酒在英国流行起来的是玛莉女王夫婿英王威廉三世。原来的奥伦治国王威廉不仅自己是个爱好者，他还因为英-荷联合王国跟法国之间战争，命令进口法国葡萄牙和白蘭地，同时开放本土谷物用于烈性饮料制造成免税资格——这项立法几乎可以说是在为琴 酒量身打造一个极具利益环境。于是，英国自此成为了最重要的产区，即使比起原始地的地产— 荷 兰 — 更 进 一 步。