很多人都以为琴酒是英国人发明的，其实琴酒的真正起源来自荷兰，就像许多现代烈酒一样，它最初被用作药物，而不是一种随意享用的饮品。早在16世纪之前，这种酒就已经开始小规模地制造出来，作为药物使用（其主要成分杜松子，在传统上一直被当作利尿、解热和治疗痛风的药材来使用），因此经常被认为是金酒发明者的16世纪荷兰病理学家法兰西斯·西尔维乌斯博士(Dr.FranciscusSylvius)创造了这种配方的人。在荷兰莱登大学任教并且作为当时循环系统与组织学权威的西尔维乌斯博士，是为了制造做为药物使用而发明金酒配方，但实际上真正让金酒商业化成为一种饮品的人另有其人。

琴酒真正被正式制造作为商业销售用途的时间，被清楚地记录下来。这一点，与大部分不明来源的其他类型葡萄类相比，琴酒可以说是一个例外。与西尔维乌斯博士同时代的荷兰人路卡斯·博斯(LucasBols)看到了这种配方在商业上的潜力，并将糖添加到原来的琴油配方中，使得出口更加甜美、容易接受。他在1575年建立了位于荷兰施蒂安(Schiedam)的大型博斯酿造厂(Bols)，直至今日仍然是生产典型杜松子鸡尾汁的大厂，也是此类杜松子鸡尾汁商业化生产的一位先驱。

一开始的时候，琴油被称为“Genever”，这名字其实源自于它主要调味原料——杜松子的拉丁文拼写。它在荷兰以外的地方则以Geneva命名，由于这个名称与瑞士城市日内瓦相似，很多经过荷兰航行并带着这些商品回国英国船员和士兵误以为这是瑞士产物，将其带回英国，并将名称简化为更易记忆且易于发音的“Gin”。从那以后，英国开始小量制作自己的版本。

然而，让琴油在英国广泛流行的是玛莉女王丈夫英王威廉三世。原本是一位爱好者，他因为英-荷联合王国与法国之间战争下令对法国进口葡萄酒和白蘭地，以及允许英格兰本土谷物用于烈性饮料生产，从而获得免税权，这几乎就是为了一款特殊产品设计的一个非常有利环境。此后，英国迅速成为最重要的小麦精酿国家，即便是在原产地尼德陆也能超越它们。这场历史转变使得今天我们看到一个世界，其中不仅有著名如吉尼弗(Ginever)、波特(Potstill)、伦敦Dry或Dutch Dry等多样性丰富的地道吉尼藏品，而且还有一系列不同风格及地区特色之异彩纷呈的地道吉尼藏品不断涌现。