最古老的药酒配方与中药剂劑一样，缺乏特定名称。唐代方书如《千金要方·脾胃下》中的“治下痢绞痛肠滑不可差方”，以及《外台秘要》的“疗风痹瘿疹方”，就没有明确的命名。在先秦及汉代，如《内经》中的“鸡矢醴”和《金匮要略》的“红兰花酒”，最早以单味药或主药为名。自汉代后，命名方法日渐丰富。传统方法可归纳为：以单味制成，如羌活酒；以二味联名，如五倍子白矾酒；以多味用一、二主药命名，如羌独活酒，或概括易记如五蛇酒、五精酒等；以人名纪念，如仓公、史国公、北地太守等，或联人与药效如崔氏地黄酒、周公百岁等；以功能主治命名，如安胎当归酒、愈风酒等。这类别在传统中占有相当比重。此外，还有直接采用中草方剂和名字的如八珍大补之类，以及从不同角度来命名的少数品种。
至于现代分类法，将中国传统医药分为保健、中医内科、中医外科、中医妇科、中儿科、中骨伤科、中皮肤科及口齿科学，这样既保持了其传统性，又得益于现代科技发展展现出新面貌。然而，由于中国几千年的历史积淀，其内容既包括了古病症，也涵盖了现代医学，从整理到发展，无疑是一项巨大的工程。