在一片繁茂的热带植物园中，名侦探柯南和他的助手小兰正在进行一次特别的案件调查。他们被请来解决一系列连环盗窃案，其中所有的受害者都与这片植物园有关联，而唯一留下的线索是每次盗窃后都会残留下几朵美丽而罕见的龙舌兰。
第一点线索来自于园长，他提到最近有几个不寻常的人物频繁光顾，但他们似乎对花卉毫无兴趣。在现场勘察时，小兰发现了一个隐藏的小洞，这个洞可能是一个通往地下室的小门。但当他们尝试打开它时，却发现需要特殊钥匙才能解锁。
第二点线索出现在一位年迈的大师，他声称自己曾经养过一种非常珍贵的龙舌兰。他告诉柯南和小兰，这种植物能够治愈各种疾病，并且具有很高的地位价值。这使得两个人开始怀疑是否有人利用这种药用价值来犯罪。
第三点线索是在花卉展览会上，他们遇到了一个神秘人物，那个人自称是一名专家，对各种稀有的植物都了如指掌。然而，当他被问及龙舌兰时，却表现出了极大的紧张和慌乱，甚至直接逃离了现场。
第四点线索来自于警方提供的一些监控录像。在画面中，一辆车辆可以看到停靠在附近，而且驾驶员好像正盯着某样东西。而当车子开走时，那个方向恰好对应着地下室所在地。
第五点线索则来源于实验室分析结果显示，有关盗窃团伙使用的是一种特殊的手术刀。这把刀看起来并不常见，而且上面的印记非常独特，引起了科学家的好奇心。此外，在这些刀具旁边还找到了几根精细切割过的心形树枝，这似乎暗示了一种情感或信号传递方式。
第六点最重要的是，当两人的推理接近真相时，他们突然听到地底下传来了声音。原来那个隐藏的小门其实是由复杂的机关控制，只有通过正确顺序触发机制才能打开。当他们终于成功进入地下室内，发现了一间充满各种稀有植物以及一套完备设备进行培育和研究。而在其中最为显眼的一处，就摆放着那只珍贵至极、治疗能力超群的地球上仅存四株之一——“天鹅绒”级别最高级别的龙舌兰。这一切都是为了证明一个人对于自然界力量以及科技结合创造力的野心，以及对于未知世界深刻渴望，从而为他获取无限财富和权力做准备。随后经过详细审讯，最终揭露出主谋背后的黑幕，也就是那个神秘人物，他本人是一个拥有巨大财富却渴望更多的人物，将其罪行藏匿在这片热带风景里，以此作为自己的私密基地，同时也确保自己不会因为任何原因失去这一切。而经过多方努力，最终将其逮捕归案，让这个充满邪恶计划的地方恢复宁静，保护那些原本应该属于整个地球共享但因人类欲望而被掠夺资源回归自然状态中的宝贵生命之源——那些美丽而罕见的心灵之歌—“天鹅绒”的精华，不再成为人类争斗与贪婪游戏中的牺牲品，而是成为了我们共同守护自然恩赐、尊重生命真正意境的一个象征。
