自制过程中的不当操作可能导致酒精含量过高，给人带来严重健康风险。李子本身含有较多的糖分和酸性物质，这些成分在酿造过程中与酒精发生反应，生成致癌物质，如甲醛、乙醇等。长期饮用这种自制的李子酒，不仅会损伤肝脏，还可能引起胃肠道疾病甚至更严重的健康问题。
自制李子酒容易被污染，因为制作环境卫生条件差，未经消毒或清洁的器械和容器都可能携带细菌、病毒和其他微生物进入食品中。这对于免疫力较弱的人群来说是一个巨大的威胁，一旦食用就会很容易感染疾病。
李子的品种不同，其天然产物含有的化学成分也会有所差异。如果选择了品种不明或者质量不佳的李子作为原料，那么所酿出的酒就难以预测其安全性。此外，由于缺乏科学化管理和监管，许多自制果酒都没有经过适当的过滤和沉淀处理，所以存在颗粒、杂质的问题，对身体健康构成了潜在威胁。
自制果酒往往没有标准化生产流程，因此很难保证每次产品的一致性。在不同的酿造环节，如果操作不规范，比如加糖时糖浆温度控制不当，也许会产生一种特殊型号的小麦芽孢杆菌（Bacillus cereus），这种细菌能够生存并繁殖在水果上，并且可以抵抗热处理，从而造成食源性中毒。
酒液储存条件也是一个关键因素。一旦自制果酒未能妥善保藏，它们易受氧气影响，在空气接触下形成二氧化碳泡沫，使得口感变差，同时还可能导致瓶盖破裂或瓶身变形，而这又增加了腐败及污染风险。因此，无论是从生产还是储存角度出发，都必须格外小心，以确保最终消费者的安全。
